Verkkokaupassa käytetään yleisesti niin sanottuja maksunvälitysjärjestelmiä eli maksusiltapalveluita (payment gateway). Maksunvälitysjärjestelmä on verkkopohjainen palvelu, joka integroidaan verkkokaupan tilauslomakkeeseen. Kun asiakas tekee kaupasta tilauksen, tilauksen tiedot lähetetään maksusiltapalvelun kautta eteenpäin. Maksu siirtyy yleensä asiakasvaraintilille, josta se tilitetään joko välittömästi tai viiveellä edelleen kauppiaan tilille.
Maksunvälitysjärjestelmiä verrattaessa voi olla hyvä tarkistaa, millaisia tilitysmalleja toimija tarjoaa. Joillekin verkkokauppiaille voi olla tärkeää saada tapahtumakohtaisesti tililleen kaikki tilitykset ostoskorin alkuperäisellä viitteellä. Toisille voi riittää pankkipäiväkohtainen koontitilitys. Tämä liittyy yleensä esimerkiksi toiminnanohjausjärjestelmien asettamiin vaatimuksiin. Maksunvälityspalveluiden tehtävä on turvata maksujen turvallisuus, salata maksuliikenne ja tunnistaa osapuolet luotettaviksi. Toisin sanoen maksunvälitysjärjestelmä toimii kuin näkymätön kassakone. Kun käyttäjät aloittavat verkkokauppatilauksen maksuprosessin, kaikki heidän lähettämänsä tiedot salataan. Tämä tapahtuu sekunneissa.
Maksusiltapalvelun kannalta käytettävällä maksutavalla ei ole väliä, sillä kyse on vain varmistustietojen ja rahan välittämisestä. Asiakas voi siis verkkokaupassa valita maksutavakseen luottokortin, pankkikortin, verkkopankin tai jonkin muun maksutavan. Maksunvälityspalvelu kerää tilauksen tiedot ja ohjaa maksajan oikeaan varmennuspalveluun, jossa käyttäjä vahvistaa maksunsa. Tämän jälkeen maksunvälityspalvelu palauttaa käyttäjän takaisin verkkokauppaan, jossa hänelle näytetään niin sanottu kiitossivu tilauksen onnistumisesta tai virhesivu, jos maksu on epäonnistunut. Kansainvälisesti tunnettuja maksunvälityspalveluita ovat muun muassa Google Checkout, PayPal, Moneybookers ja Authorize.net. Suomessa kolme suurinta toimijaa ovat Paytrail (entinen Suomen Verkkomaksut), Checkout ja Suomen Maksuturva Oy, jotka tarjoavat verkkokauppoihin yleisimmät verkkomaksupainikkeet osana samaa palvelua. Maksunvälitysjärjestelmät tarjoavat käyttäjilleen myös hallintapaneelin, jonka kautta verkkokauppiaat voivat seurata ja analysoida verkkokauppansa maksuja. Edistyneet maksunvälitysjärjestelmät voivat lisäksi tarjota muita lisäarvopalveluita, kuten muun muassa älykkäitä työkaluja peruutusten ja palautusten hallintaan.
Verkkokauppiaan kannattaa useimmiten tehdä sopimus erilaisia maksutapoja tarjoavan maksunvälitysjärjestelmän kanssa. Tämä on myyjän kannalta erittäin kätevää, sillä myyjän ei tarvitse tehdä erillistä sopimusta jokaisen luottokorttiyhtiön ja pankin kanssa. Lisäksi teknisestä näkökulmasta verkkokauppa integroidaan ainoastaan yhden maksupalvelun järjestelmään sen sijaan, että tarvittaisiin erillinen, työläs ja kallis integraatio jokaiselle maksutavalle ja luottokortille. Periaate on pikemminkin: yksi sopimus, yksi kumppani ja monta maksutapaa. Toisaalta voi aiheutua ongelmia, jos verkkokaupan tarvitsema yksittäinen maksutapa ei sisällykään tarjottuun palvelupakettiin tai hinnastoon tulee muutoksia.
