Verkkokauppaan liittyy myös ongelmakohtia, jotka ovat pienillä ja keskisuurilla yrityksillä yleisesti samansuuntaisia. Vaikeuksia tuottavat niin kustannukset, vastuun jakaminen kuin käytännön toiminnan järjestäminen. Ensimmäinen askel ongelmien selvittämiseen on niiden tunnistaminen.
Kustannukset
Useimmat pk-yritykset eivät pysty sijoittamaan merkittäviä summia kokonaan uusiin toimintoihin, varsinkaan kun rahaa toiminnasta saadaan vasta myöhemmin. Toisaalta menetykset voivat olla tulevaisuudessa suuria, jos digitaaliseen liiketoimintaan ei panosteta tarpeeksi. Verkkokaupan kehityskustannukset ovat kuitenkin varsin matalat – ainakin jos toimitaan kustannustehokkaasti – verrattuna potentiaaliseen hyötyyn.
Verkkokaupan aloittamisessa kustannuksia tulee verkkotunnuksen rekisteröinnistä, maksutapa- ja toimitussopimuksista, verkkokauppasivuston perustamisesta, ylläpitokustannuksista sekä mahdollisista integraatioista ja ulkoisten palveluiden kustannuksista (esimerkiksi hintaseurantapalveluista). Lisäksi verkkokaupasta aiheutuu usein myös sisäisiä kustannuksia, kuten henkilöstön koulutustarvetta.
Tietoturva
Pk-yrityksillä harvemmin on omaa tietoturvasta vastaavaa yksikköä. Tietoturvan merkitys kasvaa vuosi vuodelta verkkoliiketoiminnan ja sähköistettyjen bisnesprosessien merkityksen kasvaessa. Samaan aikaan pk-yritykset ovat yhä kiinnostavampia kohteita verkkorikollisille.
Tietomurtoa suunnitteleville verkkokauppa on puoleensavetävä kohde, koska se sisältää mahdollisuuden taloudelliseen hyötyyn ja petokseen. Verkkokaupan tulee vakuuttaa kuluttajat luotettavuudestaan. Tutkimusten mukaan kaupan hyvä maine ja tunnettuus ovat suomalaisille kuluttajille erityisen tärkeitä. Verkkokaupparatkaisun tilaajan näkökulmasta riskit ovat hallittavissa oikeilla kumppanivalinnoilla.
Tärkein luottamussuhde on verkkokauppiaan ja verkkokauppaohjelmiston kehittäjän välillä. Harvalla yrittäjällä on mahdollisuuksia arvioida itsenäisesti verkkokaupan teknistä tietoturvan tasoa. Verkkokauppatoimittajan tulee pystyä tarvittaessa selvittämään, miten tietoturva on otettu huomioon verkkokaupassa ja sen kehityksessä. Verkkokauppaohjelmiston ei pitäisi esimerkiksi tallentaa maksutapahtumien tietoja, kuten luottokorttinumeroita.
Tekninen osaaminen
Yrityksessä ei välttämättä ole ketään, jolla on osaamista moderniin verkkokauppaan liittyvistä teknologioista. Käytössä olevat resurssit luonnollisesti määrittelevät, miten pitkälle asiat kannattaa tehdä itse. Oikeiden kumppanuussuhteiden valinta ratkaisee tässäkin asiassa.
Periaatteessa yritys voi itse ostaa palvelimen, asentaa siihen verkkokauppaohjelmiston ja suunnitella siihen oman ulkoasun, mutta käytännössä nämä toiminnot usein ulkoistetaan. Verkkokaupan toiminnot, kuten itse kauppasivusto, sen ulkoasu, tekninen ylläpito ja sisällöntuotanto, voidaan tilata yhtenä pakettina samalta toimittajalta tai osakokonaisuuksina eri toimijoilta.
Asiakaspalvelu
Kuten aikaisemmin mainitsimme, 2000-luvulla verkkokauppa on kuluttajavetoista. Asiakas on kuningas. Ihmiset odottavat verkossa samanlaista asiantuntevaa ja henkilökohtaista palvelua kuin kasvokkain myymälässä. Vaatimusten täyttäminen on helppoa niin kauan kuin asiakkaita on vain muutamia. Jos verkkokauppa lähtee räjähdysmäiseen kasvuun, pieni yritys voi huomata olevansa ongelmissa tilausten käsittelyn ja asiakaspalautteeseen vastaamisen suhteen. Verkossa palvelua odotetaan heti ja välittömästi.
Yrityksen ongelmana on siis ratkaista, miten samanlainen laadukas asiakaspalvelun taso voidaan saavuttaa niin verkossa kuin reaalimaailmassa. Tässä ovat apuna verkkokaupan toiminnallisuudet, jotka mahdollistavat asioiden automatisoinnin ja siirtämisen ikään kuin asiakkaiden oman aktiivisuuden varaan. Tilauksista voidaan tarjota esimerkiksi automaattisia seurantakoodeja, joiden avulla asiakkaat voivat seurata tilaustensa edistymistä ja toimitusta reaaliajassa. Seurantakoodit antavat asiakkaalle tunteen hyvästä palvelusta, mutta eivät vaadi ylimääräistä työtä verkkokaupan ylläpitäjältä. Kannattaa kuitenkin muistaa, että hyvää asiakaspalvelua ei voi ulkoistaa tai automatisoida.