Järjestelmien integraation tielle saattaa tulla myös ylitsepääsemättömiä esteitä. Tällaisia voivat olla integraation hinta tai vaatimus järjestelmien vaihtamisesta tai päivittämisestä, mikä voi johtaa käyttökatkoihin liiketoiminnassa. Pahimmassa tapauksessa pitkään ja hartaasti rakennettu kallis integraatio ei toimikaan odotusten mukaan vaan tuottaakin organisaatiolle merkittäviä tappioita. Riskejä voidaan ehkäistä asiantuntevalla ja huolellisella vaatimusmäärittelyllä ja toteutuksella. Integraation suunnittelussa ei kannata kiirehtiä, sillä oikein toteutettuna integraation lopputuloksena on erittäin tehokas ja yrityksen kilpailukykyä lisäävä järjestelmä.
Suunnittelun tärkeimpiä kysymyksiä on se, mitkä prosessit halutaan sulauttaa mukaan integraatioon. Yrityksen näkökulmasta tilanne on sitä parempi mitä vähemmän prosesseja tarvitaan tuottoisaan liiketoimintaan ja mitä tehokkaampia nämä prosessit ovat. Verkkokaupan integroiminen muihin järjestelmiin yksinkertaistaa useimmissa tapauksissa olemassa olevia liiketoiminnan prosesseja. Seuraavaksi esitellään joitakin prosesseja, jotka kuuluvat kiinteästi integroidun verkkokaupan piiriin. Prosessien kohdalla määritellään, mitä tietoa järjestelmien välillä siirretään.
Asiakkuudenhallinnan kannalta olennaisia tietoja ovat asiakasnumero, nimi, yhteystiedot ja tilaushistoria. Parhaassa tapauksessa asiakastiedot sisältävät asiakkaan osto- ja selailuhistorian kaupassa, tiedot miten hän on reagoinut aikaisemmin erilaisiin markkinointitapoihin sekä tiedot asiakkaan suosimista maksu- ja toimitustavoista.
Markkinointi kattaa kaiken tiedon liittyen verkkomainoksiin, sähköpostimarkkinointiin, sosiaaliseen mediaan ja muihin vastaaviin. Tehokasta markkinointia varten tarvitaan tiedot kampanjoista ja niiden onnistumisprosenteista sekä kampanjoiden vaikutuksesta konversioon ja niin edelleen.
Tuotehallinta vuorostaan kattaa tuotetiedot, varastotiedot ja toimittajien tiedot. Tuotetiedot sisältävät hinnoittelutiedot, alennukset, pakkaus- ja myyntitiedot sekä inventaariotiedot.
Tilaushallintaan sisältyvät prosessit kuten tilausten vastaanottaminen, käsittely ja seuranta sekä tuotepalautukset.
Laskutuksen ja kirjanpidon prosesseja ovat myynti, tilaukset, kirjanpitoraportit ja henkilöstömenot.