Verkkokaupan tekniseen ylläpitoon ja toteutukseen on olemassa useita eri palvelumalleja. Niiden erot liittyvät lähinnä siihen, kuinka paljon yritys haluaa tehdä itse ja kontrolloida verkkokaupan asioita. Pieniä kauppoja varten riittää kevyt valmispalvelu. Raskaamman sarjan verkkokauppaa varten yrityksen pitää suunnitella ja hankkia tekninen infrastruktuuri sekä ostaa lisensoitu verkkokauppaohjelmisto tai kehittää sellainen itse.
Niin kutsutussa Enterprise-tason toteutuksessa verkkokaupan ohjelmisto, palvelin ja kehittäjät ovat kaikki yrityksen omistuksessa. Enterprise-toteutus sopii nimensä mukaisesti parhaiten suurille yrityksille, joilla on tarvittavat resurssit, suuret tietokannat, miljoonia kävijöitä ja erittäin monimutkaiset myyntiprosessit. Oman toteutuksen myönteisenä puolena on kaikkien verkkokaupan osa-alueiden täydellinen kontrolli. Haittapuolena toteutus on kallista ja työlästä sekä edellyttää yritykseltä merkittäviä resursseja.
Verkkokauppa voidaan myös ostaa niin sanottuna pilvipalveluna. Pilvipalvelu tarkoittaa, että ohjelmisto tarjotaan käyttäjille ”pilvessä” sijaitsevana palveluna, jonka tekniset yksityiskohdat eivät näy käyttäjille. Palvelu sijaitsee hajautetusti käyttäjältä piilossa olevilla palvelimilla, ja sitä käytetään useimmiten selaimen kautta. Pilvipalveluita kuvaavia termejä ovat SaaS (Software as a Service), IaaS (Infrastructure as a Service) ja PaaS (Platform as a Service).
Pilvipalvelua käytettäessä verkkokauppaohjelmistoa ei valmisteta alusta alkaen itse tai hankita perinteisenä lisenssipohjaisena ohjelmistona, vaan se tilataan valmiina verkkopalveluna. Käytännössä tämä tarkoittaa, että yritys ostaa verkkokauppa-alustan verkkokauppatoimittajalta, joka vastaa palvelinten ylläpidosta, verkkokauppa-alustasta ja sen päivityksistä. Kauppias hallitsee verkkokauppaa selaimella käytettävän hallintapaneelin kautta. Pilvipalveluiden muokattavuudessa, joustavuudessa ja kustannuksissa on suuria eroja. On esimerkiksi mahdollista käyttää verkkokauppa-alustaa sille omistetulla palvelimella ja maksaa alustan ylläpitäjille verkkokaupan teknisestä kehityksestä ja räätälöinnistä.
Pieniä yrityksiä varten on olemassa pilvipohjalta toimivia palveluita, joihin perustettu verkkokauppa toimii teknisesti samalla palvelimella muiden kauppojen kanssa. Tällaiseen palveluun saa perustettua kevyen verkkokaupan jopa täysin ilmaiseksi. Edullisissa ja kevyissä palveluissa verkkokauppaa ei yleensä ole mahdollista kehittää merkittävästi eteenpäin yrityksen tarpeiden mukaan, vaan käyttäjä on sidottu palvelun olemassa oleviin asetuksiin ja ulkoasupohjiin.
Yritykselle sopivimman verkkokauppajärjestelmän ja palvelumallin valintaan vaikuttavat monet tekijät. Perusteltu päätös verkkokauppaohjelmistosta voidaan tehdä, kun tiedetään verkkokaupan myynnilliset tavoitteet ja kohdeasiakkaat sekä tuotantoympäristöltä ja verkkokauppaohjelmistolta vaaditut tekniset ominaisuudet. Olennaisena tekijänä on usein järjestelmän integroitavuus yrityksen olemassa oleviin toiminnanohjausjärjestelmiin.
Uuteen järjestelmään siirtymistä kannattaa aina tarkastella kokonaisuutena. Järjestelmässä otetaan huomioon kaikki osa-alueet, joihin verkkokaupalla on vaikusta: myynti, markkinointi, kirjanpito, varastonhallinta jne. Tällä tavoin verkkokauppa voidaan tehokkaasti tuoda osaksi yrityksen työprosesseja. Käyttöönotossa tulee ottaa huomioon niin tarjolla olevan järjestelmän tekniset vaatimukset kuin siitä aiheutuvat kustannukset. Lisäksi on hyvä arvioida, kuinka paljon resursseja vaatii henkilöstön kouluttaminen uuden järjestelmän sujuviksi käyttäjiksi.